在《生化危机7》中，敌人的种类相对罕见。与之前的作品不同，这部作品中的生化事件既不是病毒，也不是寄生虫，而是一种被称为“Mutamycete(日文版写作「特异菌」）游戏中通称为“霉菌”的特殊真菌（Mold）由此引发的事件续作《生化危机：Village》出现在中间的母神米兰达发现。
本作的主要BOSS是伊芙琳，由米兰达和The组成 Conections合作创造的生化武器。这部作品中的主要杂兵敌人被称为“菌兽”（Molded）一种人形怪物，它们来自伊芙琳的霉菌。
一、前情
从2000年开始，安布雷拉公司和H.C.F.组织(威斯克曾投靠艾达所属的神秘上层组织)合作开发生物生化武器。
这种生物武器的制造方法是：安布雷拉发现了一种叫做“mutamycete细菌基因组在第四阶段前注入人类胚胎，在受控环境中培养38至40周。由此产生的生物被称为“候选标本”，并根据实用性进行评级。A-D系列是不实用的缺陷，E系列是完美的，成为合适的生物武器。
代号E001的伊芙琳是第一个E系列生物武器。伊芙琳有实验计划的标准外观:10岁的萝莉形象，方便混入城市居民或难民进行细菌战。
她可以随意分泌mutamycete物质，感染他人。霉菌会逐渐占据被感染者的细胞，使其具有很强的再生能力，除非被感染者的头部被切除或完全粉碎，否则会继续再生。霉菌到达大脑后，实验对象的意识会与E系列药物“互动”，产生幻听幻觉。你可以看到不存在的10岁女孩的形象逐渐被她控制，开始无法控制自己的暴力冲动，做出自残和伤害他人的行为。当霉菌占据每个细胞时，感染者就会变成黑色的怪物。这种怪物是菌丝体形成的超级有机体，具有很强的生存和战斗本能。
从情节上看，伊芙琳似乎可以加速被感染者的感染进展。
2013年，安布雷拉特别行动处（Special Operation Division）艾伦·多尼和看守员米娅·温特斯负责护送伊芙琳到中美分公司，以避免伊芙琳被敌对组织偷走（在游戏开始时的动画中，米娅说她想尽快摆脱“照顾孩子的工作”）。他们伪装成伊芙琳的父母，乘坐液化天然气运输船“安娜贝儿”号。他们戴的基因组药典可以通过监测伊芙琳的重要器官来呼叫、显示自己的健康状况和跟踪。如果伊芙琳失控，情况无法挽回，他们会用药典打开随身携带的盒子，制作E坏死毒素来摧毁伊芙琳。
当她来到路易斯安那州南部的杜尔威时，伊芙琳攻击并感染了艾伦，但她认为守卫她的米娅是她的母亲，没有攻击她。当米娅追捕逃跑的伊芙琳时，船员们逐渐变成了真菌和野兽，艾伦也变成了，米娅也被感染了。在此之前，米娅录制了一段视频，警告她的丈夫伊森不要去找她。
那天晚上风暴大作，追上伊芙琳的米娅被抛出爆炸船掉进了水里。卢卡斯·贝克发现遇难船被冲到河口。10月10日前，杰克·贝克去看了看，带回了伊芙琳和米娅(老房子正宗的照片是他们在船边的照片)。此后，贝克一家逐渐被伊芙琳感染和控制，但在2015年1月第三方组织的帮助下，卢卡斯摆脱了伊芙琳的精神控制。佐伊·贝克不知道为什么他仍然有更正常的自我意识，而米娅有时正常，有时疯狂，无法区分现实和伊芙琳的幻觉，有强烈的暴力倾向，所以他被卢卡斯关进了牢房。伊芙琳有时会去看米娅，希望米娅能成为她的母亲。
事实上，伊芙琳也是安布雷拉的受害者。伊芙琳从出生起就被用作生物武器隔离和养育，她的人生经历比被注射到祖先病毒中的丽莎更悲惨。她强迫实验对象(被感染者)成为她的父母。“安娜贝儿”号失事那天，她对米娅喊道，她厌倦了实验室的生活，她想要一个家。进入贝克一家后，她把他们变成了自己的“家庭”。在扭曲的愿望的驱使下，2016年9月左右，越来越失控的伊芙琳要求贝克二老绑架更多的受害者，扩大她的家庭。
本来事情可能会发展得这么可怕，但伊芙琳控制米娅给伊森发邮件，把伊森引诱到贝克一家的客房。她为什么要这样做？卢卡斯在给第三方的📮中提到“也许她等米娅不耐烦了”。后来，米娅在客房三楼疯了。当她用电锯追伊森时，她反复说“核心必须被摧毁”、“我别无选择。“如果米娅的这两句话被理解为伊芙琳的意思，米娅可能对伊森有着深深的爱，这使得伊芙琳无法完全控制米娅的心。所以伊芙琳带伊森去杀伊森，或者让伊森成为她的“父亲”，让米娅安定下来。
二、杰克·贝克
伊森在客房地下室的牢房里找到米娅后，当他们一起离开时，伊芙琳控制了米娅，并命令米娅用幻听攻击伊森。伊森反击，米娅被打倒，米娅只有倒下才恢复意识。佐伊打电话让伊森逃离阁楼窗户。出乎意料的是，米娅再次重生，伊芙琳的幻觉告诉她，如果伊森不想成为她的父亲，那就让他死吧。米娅用电锯砍掉了伊森的左手掌，阻止伊森逃离阁楼窗户。伊森最终用手枪击倒了米娅，但被杰克·贝克从背后偷袭击昏了。
杰克·贝克原本是米娅选择的“爸爸”，他把失去知觉的米娅和伊森带到了主屋。伊森醒来后，他和杰克、玛格丽特、卢卡斯和罗蒂阿姨一起吃内脏晚餐。就在杰克想挖出伊森的舌头，帮他品尝精心准备的菜肴时，警察敲了敲门，贝克的家人躲了起来。伊森挣脱束缚，环顾四周，又遇到了杰克。与杰克打交道后，伊森进入隧道，甩掉了杰克。之后，他从窗口向怀疑的警察要了一把刀。他们在车库见面。当他们到达车库时，警察盘问伊森，但杰克用铲子从后面铲掉了半个头。伊森开车库的车撞倒了杰克，但杰克爬进副驾驶座，抢走了方向盘。汽车撞到钢头上，杰克暂时被撞得不省人事，伊森趁机逃跑，打开了通往主厅的门。
接下来，他多次与复活的杰克作战。就在他要拿到最后一只狗头的时候，杰克把它拿走，诱使伊森和他作战。最后，伊森拿到了电锯，杰克卒。离开只有半拉身体的杰克，伊森逃到了院子里。伊森接到佐伊的电话，得知佐伊以前也找过其他受害者帮忙，但只有他成功了。佐伊之前为伊森续上断手，戴着“药典”(即米娅之前戴的那个)。佐伊要求伊森找材料制作血清，治愈被感染的佐伊和米娅。佐伊手中有D系列(实验体)的颅神经，而伊森则要找到D系列的末梢神经。
三、玛格丽特
在指示下，伊森去了河边的老房子，那里到处都是蜘蛛和飞虫。伊森看到米娅进入壁炉，但卢卡斯抢劫了她。回到一楼，疯狂的女人玛格丽特想让伊森离开，释放大量飞虫攻击伊森，但被伊森用火焰喷射器暂时赶走。经过一番波折，伊森拿到了乌鸦钥匙，正要打开通往老房子二楼的门，却被玛格丽特抓住，扔进了地板上的一个大洞。玛格丽特再次被击败后，她掉进坑里，换成了一滩黑水。进入二楼，一扇门挡住了路，需要玛格丽特的灯才能开门，但回头看，玛格丽特变成了蜘蛛爬走。沿着隧道走，伊森来到一个枯井，爬上去发现了种植园。进入种植园，二话不说就干了，蜘蛛婆玛格丽特终于全身钙化，变成了飞灰。
拿到灯后，伊森在老房子二楼的拘留室里发现了D系列周围神经。也许伊芙琳住在那里。她把D系列周围神经交给玛格丽特，让她藏在这里。回到拖车上，伊森接到了卢卡斯绑架佐伊和米娅的电话。如果你想找卢卡斯，你必须找到两张磁卡。伊森首先按照指示去了主房子的地下解剖室，从被斩首的警察喉咙里伸出一张卡片，然后在罗蒂阿姨的房间里打开了一扇黑暗的门，来到地下室的车间拿另一张卡片。
三、米娅
收集了两张卡片后，伊森进入试验区，闯入卢卡斯设计的死亡陷阱。因为他以前看过视频带，他破解了卢卡斯的生日蛋糕陷阱。最后，他把炸药扔进监控室旁边墙的缝隙里，炸开了墙，迫使卢卡斯逃跑。伊森看到米娅和佐伊通过监控画面，得知他们被锁在船屋里。三人见面后，佐伊做了两份血清，伊森一起拿走了，正要用，巨大的变异体杰克打破了墙，把伊森拖走了。我不知道是谁规定的。老板身上总有很多亮黄色的大眼睛。伊森一一射破后，杰克暂时摔倒了。佐伊打开门，伊森正要离开。狗血的场景出现了。杰克不知何故又睁开狗眼，把伊森抱在怀里。看到伊森即将到来，佐伊让伊森把一份血清放进杰克身上，杀死了晚期感染的他。果然，杰克随后钙化了这一举动。当伊森来到码头准备乘船时，他说只有一个血清。佐伊不顾他指示他使用的事实，慌乱地问他该怎么办。这一幕曾经很尴尬。伊森仔细对比了妻子米娅和佐伊妹妹的颜值——还是妻子香。
佐伊愤怒地把温特斯夫妇送走，中途翻船。米娅醒来后，发现棕色头发的伊森倒在地上，正要把他翻过来，无数的菌丝把伊森包裹起来。米娅不得不进入遇难船，一路潜行小规模战斗，来到三楼，伊芙琳的小萝莉形象正在等她。看到米娅和伊森的感情不断切断，伊芙琳决定让米娅想起过去，想起米娅曾经“承诺”成为她的母亲，然后和她成为一家人。在录像带中，米娅看到了过去的自己，想起了她为安布雷拉工作的事情。看完录像带，米娅还是拒绝了伊芙琳，绝望的伊芙琳笑着说，那我就再也不需要你了，然后就消失了。
米娅通过监控画面发现伊森在负两层，于是一路克服困难，从菌丝壁挖出伊森。在恢复意识之前，伊森看到杰克和佐伊在脑海中恢复了理智。杰克解释了伊芙琳如何控制他们，并指出消灭伊芙琳是问题的关键。伊森获救后，伊芙琳再次控制了米娅的心灵，米娅用最后的意识把伊森推出了门外。盛怒的伊森拿着米娅给他的装有伊芙琳组织样本的小瓶，决定做个断。
他走出船外，经过沼泽来到南杜尔威的阿伯克龙比盐矿。途中，他看到一架直升机在空中飞行。在盐矿井口附近的房子里，他发现了一张安布雷拉标志的直升机的照片，背后是“他们从直升机上看着我们吗？” 然后我从电台听到Alpha的代码 1 和Bravo 1.两名安布雷拉特工搜索了贝克庄园，知道卢卡斯与第三方有联系(从这里可能是H与安布雷拉有竞争关系.C.F.），知道他躲在盐矿里，最后证实要杀伊芙琳格。伊森从矿井下来，一路杀怪来到实验室。这个隐藏在盐矿深处的安布雷拉秘密实验室应该存在于伊芙琳逃跑之前。在实验室里，伊森了解了生物武器计划的来龙去脉，并利用伊芙琳的组织样本制作了E坏死毒素，可以摧毁E系列生物武器。然后，他在矿井里走了一段路，推开一扇被木板封住的门，发现矿井与贝克家族的客房相连。米娅想和他一起逃离这扇门。
走进客房，伊森开始闪回米娅和他在客房里的照片，看到伊芙琳的幻觉指示米娅攻击他。最后，伊森顶住了伊芙琳发出的强大冲击波，走上前去，将E坏死毒素注射到她体内。回到现实，坐在轮椅上的“罗蒂阿姨”是伊芙琳的本体。由于缺乏药物治疗，伊芙琳将以25倍的速度衰老，并在过去三年中大约75岁。伊芙琳的身体开始腐化和崩溃，最终与房子里的大量菌丝融为一体，成为一个巨大的怪物。
伊森不停地向变异体伊芙琳倾泻火力，最后被伊芙琳扔到地上。就在生死关头，一个盒子从直升机上扔了出来，一把埃尔伯特(威哥)手枪的复制品掉了出来。有人喊道:“用这个！”。伊森拿起枪，在伊芙琳脸上射出特殊弹药。最后，伊芙琳开始变白钙化，结束了悲惨的生活。
一群特工从直升机上下来，其中一人摘下头盔，声称是“雷德菲尔德”，把伊森带到了直升机上。米娅神奇地活了下来，一个特工用血袋给她输血。直升机飞向太阳，“安布雷拉公司”的标志，熟悉，似乎有点不同。
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